$removeEmptyにて、1を設定すると削除、0を設定で削除しないとなります。
docs.ckeditor.com/#!/api/CKEDITOR.dtd-property-S-removeEmpty
CKEDITOR.dtd.$removeEmpty = { abbr: 1, acronym: 1, b: 1, bdi: 1, bdo: 1, big: 1, cite: 1, code: 1, del: 1, dfn: 1, em: 1, font: 1, i: 1, ins: 1, label: 1, kbd: 1, mark: 1, meter: 1, output: 1, q: 1, ruby: 1, s: 1, samp: 1, small: 1, span: 1, strike: 1, strong: 1, sub: 1, sup: 1, time: 1, tt: 1, u: 1, 'var': 1 };